由校又拟了另一道旨意，以及军部颁发了自成立以来的第一封官方文书。
即告诉九边军镇的军队，你们从此以后，不在隶属于兵部了，有任何事，向新成立的军部进行汇报。
军饷粮食，以及武器装备等军需物资，也是由军部进行发放。
全国各地的卫所，则是依照旧制，仍然归属于五军都督府节制管辖。
五军都督府的权力，自然也是恢复了一些，不在被兵部节制，而是归属于军部和皇帝直接管辖。
一时之间，文官们只感觉他们的天都要塌了，皇帝先是推行所谓新政。
而后在京师大兴牢狱，对官员勋贵们大开杀戒，现在还要搞所谓军政分离的改革。
这简直是一点活路都不给他们，历朝历代，哪里有过这样的事？
尤其是朱由校的那句，大明朝与百姓共天下，非与勋贵士大夫共天下，是彻底把这天下的上层人士都给得罪完了。
不论是还未入仕的文人士绅，还是已经为官的，此时对于皇帝都只有憎恨。
在民间甚至有人开始说道，皇帝就是隋炀帝转世，非要把大明朝折腾没了才甘心。
尤其是一些年轻的书生学子，本就在血气方刚的年纪，嘴巴上又时常挂着天下，脑子里想着自己如何有才。
遭到一些有些人的引导蛊惑，这情绪自然就被轻易的挑拨起来了。
文人士大夫们的舆论，瞬间传透了整个京畿地区，占尽优势。
即使朱由校的报纸已经开办近两年，可也无法压制。
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